La nascita del nome “Tre Fontane” è strettamente legata ad un episodio molto importante per la cristianità: il 29 giugno del 67 d.C., presso le Acque Salvie, l’apostolo Paolo viene martirizzato per decapitazione; la tradizione vuole che la testa di San Paolo, recisa, sia rimbalzata a terra tre volte, facendo scaturire, nei tre punti di contatto col terreno, altrettante fonti d’acqua.
Il fatto è testimoniato da documenti. Il più antico risale agli “Acta Petri et Pauli”, del V secolo e di origine greca. Un secondo documento è una lettera inviata da papa Gregorio Magno al diacono Felice, nell’anno 604, in cui il pontefice si diceva convinto che nel luogo fosse avvenuta la drammatica uccisione di San Paolo.
Questi oggi sono i documenti ritenuti più attendibili. Infatti, esistono fonti più antiche che attestano invece, come luogo del martirio di San Paolo, la tenuta della matrona Lucina, sulla via Ostiense: l’errore deve essere forse stato causato dalla confusione con un’altra antichissima credenza, che dice che sulla via Ostiense sono state sepolte le spoglie del Santo, e con il fatto che lì, al tempo dell’imperatore Costantino, venne costruita la basilica di San paolo fuori le mura. In più, nel Chronicon di Benedetto del Soratte (XI secolo), si riporta l’esistenza di un edificio sacro eretto in memoria di San Paolo proprio presso le Acque Salvie, di cui sono rimasti resti epigrafici rinvenuti durante gli scavi archeologici del 1867. C’è da dire, inoltre, che sempre nella piccola valle sulla via Lurentina, circa due secoli dopo il martirio di San Paolo, il 9 luglio del 298, il tribuno Zenone e altri 10203 soldati cristiani, dopo aver terminato i lavori di costruzione delle Terme imperiali, furono travolti dalla follia omicida delle persecuzioni di Diocleziano.